研究院高度重视科研平台建设，已构建起覆盖滨海生态研究监测、实验、研发、示范应用全链条的省级公共技术共享平台体系。现拥有“山东省滨海生态环境保护与修复协同创新中心”、“山东省滨海湿地生态修复与生物保育高校重点实验室”、“山东省海洋牧场监测工作站”三大省级科研平台，并深度参与“山东省河口海岸与核环境重点实验室”建设，为科研创新、人才培养和社会服务提供了坚实的硬件支撑。

山东省滨海生态环境保护与修复协同创新中心

本中心为山东省高等学校协同创新中心，由鲁东大学牵头，联合中国科学院生态环境研究中心、北京林业大学、山东省海洋资源与环境研究院、烟台开发区天源水产有限公司、中国科学院遗传与发育生物学研究所等6家单位共同组建。中心秉持“生态优先，发展绿色环保产业；以生态修复技术为支撑，推动海洋环境保护技术研发”的原则，立足近海生态保护与海洋经济发展，服务于区域生态文明建设。中心搭建了六大创新平台：滨海湿地生态保护与修复创新平台、近海环境污染控制技术研发创新平台、滨海盐碱地改良与生态绿化创新平台、海岸侵蚀防护与修复技术研发创新平台、海水健康养殖环境友好材料与监控装备研发创新平台。

山东省滨海湿地生态修复与生物保育重点实验室

本实验室为山东省高等学校重点实验室，由滨海生态高等研究院、资源与环境工程学院、水利土木学院联合建设。实验室围绕滨海湿地生态过程与修复、海岸地貌演化与海洋动力过程、滨海水土资源利用与调控、滨海湿地环境保育与遥感监测四个方向开展系统研究，为滨海湿地生态保护与可持续利用提供科技支撑。

山东省海洋牧场监测工作站

本工作站于2020年8月由农业农村部批准设立，主要职责是为山东省海洋牧场建设与发展提供技术指导，并开展海洋牧场建设过程中的关键技术基础研究，涵盖放流苗种繁育、海藻床和海草场建设、人工鱼礁设计与投放、增殖放流、贝类与海珍品底播等领域。同时，工作站承担海洋牧场年度监测与评价工作，为人工鱼礁适宜性评估和海洋牧场健康发展提供科学支撑。